1、监督检查对象
对通过日常巡查、专项检查发现或者接到举报、信访、移送、交办以及媒体披露等方式发现的符合下列条件的环境违法行为，应当立案查处：
⑴、有违反环保法律法规规章的事实；
⑵、有明确的违法嫌疑人；
⑶、违法行为是应受行政处罚的行为；
⑷、属于本环保部门职权范围且属本机关管辖；
⑸、在法定处罚追究时效内，即违法行为在二年内发现的或违法行为发生之日起已超过二年但违法行为处于连续或继续状态的。
2、监督检查内容
查看排污单位的环境影响评价报告书和审批文件、环保“三同时”竣工验收材料等环保手续情况，重点关注环评审批规模、主要工艺和设备、主要污染治理措施等；调阅物耗和能耗相关报表以及生产销售台账、污染物治理设施运行台账、危险固废处置和转移联单、在线监测运维台账和数据报表、企业日常环保管理记录、清洁生产审核报告、环保应急预案等相关材料；检查企业生产规模、工艺是否符合国家产业政策、选址是否合理性、卫生防护距离是否符合已审批的环境影响评价文件的规定要求、主要生产工艺和设备与环评审批文件是否相符，污染防治设施和污染源在线监控设施是否正常运行，各类污染物排放是否达标，有无偷漏排情况，环保污染应急设施是否完善等；核算主要污染物排放情况，根据所收集的材料和现场检查情况，采用产污系数法、物料衡算等方法，估算排污量，核查有无擅自扩大规模，有无超标排放或超总量排放；走访车间及周边居民，与车间操作工人进行随机性访谈，了解生产概况，寻找环境违法行为线索，了解环保治理措施是否到位，日常环保管理是否到位，有无对附近居民造成污染。
3、监督检查方式
采取定期检查及不定期抽查；联合检查或专项检查；交叉检查。
根据检查目的，实施有针对性的检查。
4、监督检查措施
⑴、进入有关场所进行勘察、采样、监测、拍照、录音、录像、制作笔录；
⑵、查阅、复制相关资料；
⑶、约见、询问有关人员，要求说明相关事项，提供相关材料；
⑷、责令停止或者纠正违法行为。
5、监督检查程序
⑴、做好检查前的准备工作，收集相关材料和信息，了解涉嫌环境违法行为，制定检查方案；
⑵、部分检查下发检查通知，部分检查实行随机抽查；
⑶、出示行政执法证件，表明身份，说明执法事项；执法人员人数不得少于2人；
⑷、实施现场检查和书面检查等；
⑸、根据检查情况，视情处理各类情况；
⑹、检查情况形成调查报告；
⑺、对需要纳入行政处罚的，移交法规处审查；不需要移交的，相关材料总结归档。
6、监督检查处理
加强环境行政执法与刑事司法监督、舆论监督、公众监督的“三结合”，实施行政责任、民事责任、刑事责任“三责并举”，切实提升环境监管效能。
无违法行为的，做好监管记录，做好对行政相对人履行监管的证据材料；有环境违法行为的，按照《中华人民共和国环境保护法》等相关法律法规，作出如下处理：责令当场改正；责令限期改正；作出警告、罚款、责令停止生产等行政处罚；部分案件涉及其他部门监管的，通报相关部门；涉嫌环境违法犯罪的，应当移交司法机关的，移交司法机关查处。
发现有关工作人员有违法行为，依法应当给予处分的，按照新环保法要求，向任免机关或者监察机关提出处分建议。